试一出·先声：康熙二十三年，九十七岁的前明太常寺赞礼登场，自述历经兴亡，今逢祥瑞盛世。他提及在太平园观新戏《桃花扇》，该剧借侯方域与李香君离合之情，映照明末南京兴亡。剧中奸臣马阮乱政，忠良遭难，柳苏二人施救，最终张道士以桃花扇点破红尘，双双入道。赞礼暗指作者为云亭山人，并借曲词概括全剧：奸佞潜伏、忠良奔走、情缘断绝、兴亡归结，引出正戏开场。
第一出·听稗：侯方域与陈贞慧、吴应箕相约冶城道院赏梅，因魏府徐公子包场，转访泰州说书人柳敬亭。柳敬亭以鼓词暗讽权臣乱政、乐官趋附，借孔子正乐典故痛斥阉党阮大铖。吴应箕称其撰《留都防乱揭帖》揭露阮氏罪行，致门客星散，柳敬亭亦弃阮自洁。侯方域盛赞柳敬亭人品高洁，柳提及邻居乐师苏昆生。四人临别以诗感怀，慨叹南明风雨飘摇。
第二出·传歌：李贞丽为秦淮名妓，其养女李香君年方及笄，正随清客苏昆生习唱《牡丹亭》。杨文骢至院中探访，见香君貌美，取“兰有国香”之意为其取名，并题墨兰于妆楼。苏昆生考核香君学曲，纠正《皂罗袍》《好姐姐》唱腔，赞其聪慧。杨文骢提及漕抚道标下侯方域欲寻名姝梳栊，劝李贞丽把握机遇。李贞丽托杨文骢促成此事，杨文骢应允。众人赏春景，联诗下楼。
第三出·哄丁：南京国子监丁祭之日，祭酒、司业主祭，阮大铖乔装混入祭典。东林子弟吴应箕等人认出其人，当场揭露其投靠魏忠贤、结党乱政的旧恶。阮大铖以“暴白心迹”辩解，反被斥为蒙面丧心、玷辱斯文。双方争执间，老赞礼率众殴打阮大铖，扯落其须发。阮大铖狼狈逃窜，众人誓言捍卫正气，绝不容阉党余孽复起。
第四出·侦戏：阮大铖因附魏遭唾骂，隐居石巢园，借新编《燕子笺》结交复社文人陈贞慧、方以智、冒襄。家人回报三人观戏后先赞其才，后辱其投魏劣迹。阮大铖恼怒，杨文骢献计：以资助侯方域梳笼名妓李香君为饵，托其调解与复社矛盾。阮大铖应允，出三百金交杨文骢操办，欲借美人计缓和局势，重振声名。
第五出·访翠：侯方域客居金陵，闻李香君才貌双全，携柳敬亭往访。至旧院得悉香君赴卞家盒子会，转赴煖翠楼。恰遇杨文骢、苏昆生，众人赏乐行令。侯方域掷扇坠传情，香君以樱桃汗巾相答，互生倾慕。杨文骢提议梳栊，侯方域慨然应允。杨文骢愿代备妆奁，择定三月十五日迎娶。苏昆生、柳敬亭因他约先辞，侯方域与众人定下婚期后作别。
第六出·眠香：李贞丽为养女李香君操办梳栊之礼，杨文骢牵线促成世家公子侯朝宗与香君成婚。杨文骢备下妆奁酒席，众清客丁继之、沈公宪、张燕筑及妓女卞玉京、寇白门、郑妥娘等前来道贺。席间侯生题诗宫扇赠香君，杨文骢亦送催妆诗助兴。众人饮酒作乐，吹弹奏唱至深夜，最终伴着笙箫灯火送侯李二人入洞房，秦淮夜宴在脂香粉腻中散场。
第七出·却奁：杨文骢携阮大铖所赠妆奁为侯方域、李香君新婚道喜，称阮欲结交侯以化解复社攻讦。李香君闻知财物出自阉党阮大铖，怒斥其卑劣行径，毅然拔簪脱衣，弃珠翠罗绮于地，誓守清白名节。侯方域赞其刚烈，拒受阮贿，与杨文骢决裂。杨无奈取回妆奁，李侯二人以布衣荆钗自许，嘲世俗虚荣，彰显气节。
第八出·闹榭：端阳夜，复社文人陈贞慧、吴应箕于秦淮丁继之水榭挂起“复社会文”灯笼，邀同社侯方域、李香君及柳敬亭、苏昆生登楼赏节。席间赞李香君拒阮大铖妆奁之节，联句赋诗嘲弄权贵。阮大铖乘灯船途经，见复社标志慌忙熄灯避走。众人讽其狼狈，痛饮至夜深方散。侯方域与李香君乘舟离去，柳、苏送行，陈、吴留宿水榭。此出展现复社文人风骨，暗讽阉党余孽阮大铖之窘态，以灯船竞渡映照南明士林党争与气节之争。
第九出·抚兵：左良玉镇守武昌，麾下将士因军粮短缺哗变。左良玉三次安抚：先以朝廷恩义稳军心，再谎称江西粮饷将至，最终允诺移镇南京就粮。将士欢呼散去，左良玉却顾虑未奉明旨擅自行事恐遭非议。副将主张趁势东下夺取南京，末将则劝谨慎行事。左良玉内心挣扎，既忧军心不稳，又恐背负不忠之名，最终以“葵倾向日”自喻，暂定迁镇之策。
第十出·修札：柳敬亭在茶馆说书，侯方域与杨文骢前来听书。杨文骢急报左良玉率军东下威胁南京，恳请侯方域借其父侯恂名义修书退敌。侯方域代父撰书，以高帝陵寝为由劝诫左良玉勿行悖逆。杨文骢担忧送信人选，柳敬亭挺身请缨，称可凭口才应对盘查，并豪言要骂退左军人马。三人议定由柳敬亭连夜携书出城，柳敬亭收拾行装后辞别，杨文骢赞其乃“有用之才”。侯方域以书信暂缓兵祸，柳敬亭仗义赴险，共保南京安危。
第十一出·投辕：武昌守军因缺粮哗变，左良玉假意允兵就粮南京。说书人柳敬亭受侯方域所托，携书至辕门投谒。途中遭巡逻兵痞诬陷，柳敬亭以机敏辩才反制，揭穿兵痞借机勒索。入见左良玉时，柳敬亭借献书之机，以“兵随将转”之理讥讽左良玉纵兵挟制，又以说书绝技暗劝其固守臣节。左良玉受其激将，终留柳敬亭于幕府，并表坚守武昌、不逐兵移之志，二人以诗明志，共期扫清战乱。
第十二出·辞院：杨文骢奉熊司马之命托侯方域修书劝阻左良玉北上，并提议加官荫爵、调拨粮饷安抚。阮大铖在清议堂诬陷侯方域与左良玉暗通，称其为内应。史可法虽为侯辩解，马士英仍欲拿人。杨文骢暗报侯方域，促其速避。侯方域与新婚妻子李香君痛别，香君强忍悲愤，助其收拾行装。侯方域随苏昆生投奔史可法，众人于烟尘纷乱中仓促离散。
第十三出·哭主：左良玉在黄鹤楼设宴款待袁继咸、黄澍，席间柳敬亭说书助兴。忽闻塘报急报流贼攻陷北京，崇祯帝缢死煤山。左良玉捶胸痛哭，众人换素衣白布，对月遥拜，盟誓勤王复国。左良玉与袁、黄二人约定共守江汉，待中兴之主出现便挥师北上。宴罢众人分赴九江、襄阳，左良玉独留楼中，面对江昏月暗，心潮难平。
第十四出·阻奸：侯方域随史可法至南京，时值南明议立新君。史可法接马士英书信，商议迎立福王。侯方域力陈福王三大罪：谋害太子、骄奢亡国、失德乱伦；又提五不可立：君父存亡未定、弃储君、不拘伦次、强藩干预、小人挟功。史可法被说服，修书回绝马士英。阮大铖夜访史可法欲促迎立，遭闭门羹，暗恨史可法不识时务，为后文福王即位后报复埋下伏笔。
第十五出·迎驾：马士英与阮大铖密谋迎立福王，因史可法以“三大罪、五不可立”反对，遂转而联络四镇武臣高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐及勋戚魏国公徐鸿基、内侍韩赞周等。众人允诺四月二十八日齐赴江浦迎驾，并拟表列名。阮大铖自荐扮差吏背表文，二人连夜整装疾行，欲抢先拥立福王。途中马士英吟诗催马，阮大铖附和，誓要赶在群臣前完成迎驾大计。
第十六出·设朝：弘光帝在南京即位，称监国，暂用崇祯年号，拒不称帝，以父仇未报为由。文武百官上表劝进，马士英因迎立之功被擢为首辅，兼领兵部，史可法督师江北，四镇武臣封侯。阮大铖暗中求见马士英，以曾参与迎立为名，求其荐拔官职。马士英允其入阁帮办，阮大铖遂扮作随从跟进内阁。朝中权位初定，马士英趾高气扬，与阮大铖谋结党营私，把持朝政。
第十七出·拒媒：杨文骢受田仰之托，携三百金聘礼欲为李香君提亲。丁继之、卞玉京等老乐工先至杨宅，求免入选内庭教演，获杨允诺。杨趁机托其为田仰说媒，丁继之以香君曾属侯方域为由劝阻，杨文骢却称侯郎已远遁，强劝改嫁。丁、卞至香君处劝说，香君以“定情诗红丝拴紧”明志，严词拒绝。后沈公宪、张燕筑、寇白门、郑妥娘等媒人蜂拥而至，或威逼或讥讽，香君始终坚称“不愿入朱门”，甚至直言“你便嫁他”回击郑妥娘撒泼。最终众媒人无功而返，香君独守空楼，望断侯郎。
第十八出·争位：侯方域随史可法至扬州商议四镇防河之计。四镇将领高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐因座次争执，高杰以投诚最早自居首位，黄得功等怒斥其无功骄横，三镇拔刀欲杀高杰，帅府大乱。史可法命侯方域持告示安抚，晓以国仇为重，暂调各镇归防，然三镇仍扬言次日复仇。高杰拒不妥协，决意迎战。史可法忧心内乱误军机，流寇逼近黄河，防河大计遂成泡影。
第十九出·和战：四镇将领黄得功、刘良佐、刘泽清因高杰无礼挑衅，在黄金坝爆发混战。高杰先败刘良佐，再击退黄得功，刘泽清率军加入混战。朝廷使者持阁部史可法令箭喝止，责四镇擅争皆违军令，令高杰向三镇服礼谢罪。高杰愤而欲渡江自立，刘泽清急返约黄、刘二镇备战。使者见局势失控，痛心山河倾颓、人心离散，只得回禀史可法再谋对策，南明江北防线濒临崩溃。
第二十出·移防：高杰率军渡江受阻于郑瑄炮火，折返扬州后遭黄、刘三镇追击，进退无路，只得求助于史可法。史可法斥其反复无常，念其悔罪暂且饶恕。时值许定国告急，流贼将渡黄河，侯方域献策令高杰移防开、洛，既解眼前之围，又立未来之功。高杰从计，史可法遂命三镇罢兵，并遣侯方域随行监军。高杰与侯方域率军离扬，避开内斗，踏上防河之路。
闰二十出·闲话：老官人张薇自述北京陷落后护崇祯帝、周后梓宫至昌平安葬，守陵时遇赵吏目助修陵寝。逃难途中结识画士蓝瑛与书客蔡益所，三人夜宿村店共饮。张薇痛斥降贼文武，哀叹太子下落不明，提及史可法遣左懋第哭陵事。中元夜风雨大作，张薇见阵亡厉鬼号呼，又梦崇祯帝后乘舆东行，文武殉节诸臣随行。张薇发愿次年七夕在南京建水陆道场超度冤魂，蓝、蔡二人愿附醮相助，次日三人结伴南行。
加二十一出·孤吟：老赞礼毡巾道袍登场，自述往太平园观演《桃花扇》，感慨演剧悲喜交织，借司马迁、东方朔典故暗讽世事模糊、人情遮掩。秋日独行，见柳林蝉噪、荷沼香散，叹老境孤寂，嘲儿孙名利皆如流水行云。抚今追昔，目睹南明兴衰如棋局难分、残山剩水，痛惜云亭词客（孔尚任）撰史辛酸。末闻马士英将登场，以冷眼观戏作结，暗喻历史循环，戏如人生。
第二十一出·媚座：马士英设宴万玉园，邀杨文骢、阮大铖等亲信同乡。席间炫耀权势，自诩提拔同僚，操控朝政。谈及田仰欲娶李香君被拒，马士英震怒，斥其“烟花鬼”不识抬举，命长班强娶，以“彩轿红丝”逼其就范，并威胁“杀人如同虱虮”。杨文骢附和，阮大铖怂恿其旧院强拉。众人谄媚称颂马士英“吐握如周公”，实则借机报复李香君为侯方域守节之举，嘲其“琵琶另抱”，终定当夜将李香君送至田仰船上。
第二十二出·守楼：杨龙友偕马士英爪牙夜至李香君处，称漕抚田仰仗相府之势强娶。李贞丽欲劝香君从命，香君以与侯方域定盟之扇为证，誓死不嫁田仰。杨龙友逼迫，香君持扇乱打，撞楼明志，血溅扇面。李贞丽为保母女性命，被迫代女出嫁。杨龙友计成，既报复香君抗婚，又全马士英之威，以“李代桃僵”之计了结风波。香君守节重伤，贞丽含泪别女，代嫁而去。
第二十三出·寄扇：李香君独居妆楼，病中持侯方域定情诗扇追忆往事，血迹斑斑的扇面令她感怀身世。杨文骢与苏昆生前来探望，见扇面血痕，杨文骢以草汁点染，将血迹化作折枝桃花。香君托苏昆生将桃花扇寄予侯方域，以扇代书诉衷肠，望其早日归来。苏昆生应允将携扇寻访侯郎，香君遂将扇仔细封存，期盼重逢之日。此出通过扇面血痕化桃花的意象，展现香君坚贞守节之情，并借寄扇之举寄托对侯方域的深切思念。
第二十四出·骂筵：阮大铖得势后，借奉旨选妓女教演《燕子笺》之机，邀马士英、杨文骢至赏心亭宴饮赏雪。卞玉京为避选入道，丁继之佯装出家，寇白门、郑妥娘等被强征赴宴。李香君被迫下楼，目睹权奸丑态，借斟酒之际痛斥马士英、阮大铖等乱臣，控诉其拆散夫妻、祸国殃民之罪，并暗讽东林党人遭迫害。阮大铖恼羞成怒，命将香君拖入雪中杖责，马士英假意宽宏，实则命送香君入宫为奴。杨文骢暗中周旋，暂保其性命。
第二十五出·选优：弘光帝在阮大铖安排下选优伶、歌妓入宫演《燕子笺》以供享乐。沈公宪、张燕筑、寇白门、郑妥娘等被召至薰风殿试演，阮大铖借机献媚。弘光帝嫌生、旦、丑角色不佳，经试演后，将原定丑脚的年轻歌妓改派正旦，郑妥娘悻悻不服。帝赐歌妓桃花扇并命其三日习会脚本，实则将其强留宫中。该女掩泪悲叹深宫幽闭，盼与情人侯方域重逢无望，终日愁对宫墙，身似飘零桃花。
第二十六出·赚将：侯方域奉史可法命随高杰防河，见高杰责骂许定国恐生变故，入帐劝谏。高杰自恃威名，反斥书生之见，执意赴许定国睢州宴请。许定国家将奉牌印迎高杰入城，席间高杰嫌酒菜简薄，家将借机换酒布局。夜半炮响，伏兵突起，高杰挣脱上梁仍被射落，副将亦遭杀。许定国割高杰首级，命人连夜献清，并引清军踏冰渡河，欲灭高兵邀功。高杰临死方悔未听忠言。
第二十七出·逢舟：苏昆生骑驴逃难遇乱兵，被推下河，李贞丽与船夫相救。侯方域恰在邻船，闻声相认。苏昆生道出李香君守节拒嫁、溅血题诗于扇，托付书信。李贞丽自述遭田仰正妻迫害，转嫁老兵，流落船上。侯方域得扇悲喜交加，决意南下寻香君。三人感慨乱世聚散，李贞丽叹命运飘零，侯方域与苏昆生换衣辞别，各奔前程。
第二十八出·题画：侯方域重返媚香楼寻李香君，见楼阁寂寥，画具陈设，方知画师蓝瑛寓居于此。蓝瑛告知香君已被选入宫中，侯方域睹物思人，持定情桃花扇追忆昔日盟誓。杨龙友来访，透露香君因拒唱遭权贵迫害，幸得他劝解方免死罪，却被选入内庭。侯方域题诗扇上，借桃源图隐喻乱世飘零，三人感慨美人公子俱成流落，唯余桃花如旧。
第二十九出·逮社：金陵书商蔡益所正为乡试选编新书，侯方域与苏昆生因香君入宫失意归来，欲投奔友人陈定生、吴次尾。三人途经书铺，见陈、吴所编《复社文开》，入店相会。此时新任兵部侍郎阮大铖路过，见复社字样大怒，命抓捕蔡益所，并令校尉逮捕正在店中的陈定生、吴次尾及侯方域。苏昆生与蔡益所惊愕之余，决意探听消息设法营救，痛斥阮大铖公报私仇，乱政祸民。
第三十出·归山：张薇原任锦衣卫，因不满马士英、阮大铖专权，欲归隐松风阁。镇抚司拿获陈贞慧、吴应箕、侯方域三人，诬其结社营救周镳、雷縯祚。张薇审讯时认出侯方域题画才名，将其释放；又得王觉斯、钱牧斋求情，欲开脱陈、吴。忽接朝廷严旨，命捕灭东林、复社，张薇叹正人难容，决意辞官。他解冠换袍，携书坊蔡益所遁入深山，结庐白云深处，彻底远离浊世纷争。
第三十一出·草檄：苏昆生为救遭阮大铖迫害的侯方域，自南京赴武昌求见左良玉。因左军操练严密封锁，苏昆生夜半江畔唱曲自荐，终被左良玉擒获。审问中，苏昆生痛陈阮、马专权害贤、囚禁太子、拒认童妃等罪行，左良玉大怒，与袁继咸、黄澍商议后，命柳敬亭起草讨伐檄文，参奏马、阮十大罪状。柳敬亭冒死请缨赴南京投送檄文，左良玉设酒壮行，众人感其忠义，洒泪而别。
第三十二出·拜坛：乙酉三月十九日，崇祯帝忌辰，南京太常寺老赞礼主持祭坛，马士英、杨文骢、史可法等官员素服行礼。史可法悲恸哀哭，阮大铖假意哭临，诬称东林党误国。祭毕，马士英与阮大铖密谋，借左良玉“清君侧”之名，调黄得功等三镇兵马堵截，并议处童氏、周镳等政敌。阮大铖献计嫁祸潞王以乱左军，马士英采纳，命其速发兵符。二人得意赏花，全然不顾江北危局，南明内斗愈烈。
第三十三出·会狱：侯方域因案被押狱中，与陈贞慧、吴应箕二人同囚“荒”字号，夜步月谈诗消愁。柳敬亭为传左良玉檄文救侯遭捕，枷锁加身入狱，四人狱中奇遇。适逢狱吏夜提逆党周镳、雷縯祚处决，众人目睹行刑惨状，心惊胆颤。柳敬亭调侃狱中窘境，四人以文士风骨自嘲，将牢狱化作瀛洲文会，赏月咏蝉，苦中作乐，静待命途。
第三十四出·截矶：苏昆生为救侯公子，联合左良玉军东进，遭马士英、阮大铖调派的黄得功率军截杀于坂矶。左良玉与巡按黄澍、督抚袁继咸商议对策，斥责黄得功助纣为虐。左梦庚擅自攻破九江，左良玉痛心疾首，斥其陷己于不义，愤恨呕血而亡。黄澍、袁继咸见势溃散，苏昆生独守左良玉尸首，设案哭奠，哀叹英雄末路，江边招魂无计，终守灵待其子收殓。
第三十五出·誓师：史可法驻守扬州，闻北兵将至，然所部不足三千，且黄得功等三镇兵马已被马士英、阮大铖调离。夜巡城头时，史可法闻士兵怨言，知军心涣散，急令点兵却无人响应。悲愤之下，史可法痛哭出血泪，众将见状愧悔，誓死守城。史可法当即部署三层防御：迎敌、守城、巷战，并令短兵相接不利则自尽，严禁投降。将士受感，齐呼应命，扬州军民同心誓死抗敌。
第三十六出·逃难：弘光帝趁夜出逃，嫔妃相随，马士英、阮大铖携财逃跑，遭乱民洗劫。杨文骢遇二人，助其离城，闻寇白门、郑妥娘言圣上潜逃，急返媚香楼欲携李香君返乡。香君因侯方域下落不明，求师父苏昆生相助寻人。苏昆生自武昌归，知侯方域已出狱，遂与香君、蓝田叔同往栖霞山避乱。众人于城门汇合，弃繁华往桃源，盼乱世中寻得安宁。
第三十七出·劫宝：黄得功驻守芜湖防左梦庚，闻北兵渡淮、南京告急，遣心腹田雄驰援。弘光帝逃至芜湖，黄得功迎驾入营。刘良佐、刘泽清率部来投，实欲劫帝献降。田雄暗放冷箭射伤黄得功，助二人掳走弘光帝。黄得功重伤仍力战，终因寡不敌众，眼见君王被掳，悲愤自刎殉国，明朝遂亡。
第三十八出·沉江：史可法率三千子弟死守扬州，城破后缒城南逃，欲赴南京保驾，闻皇帝已遁、北兵将至，痛感无力回天。老赞礼途遇其投江，拾取脱下的衣冠靴帽。柳敬亭、侯方域等流亡者偶遇，众人哭祭史可法遗物。史可法临江自沉前，痛斥屠戮因己“愚忠”，终以“亡国罪臣”之身跃入寒涛。老赞礼携史公衣冠欲往栖霞山，并计划战后招魂葬于扬州梅花岭。侯方域等随老赞礼避难栖霞，乱世中各自奔散。
第三十九出·栖真：苏昆生携李香君借宿栖霞山葆真庵，得卞玉京收留。香君缝制中元节宝旛，苏昆生砍柴度日。侯方域与柳敬亭、老赞礼避乱至庵前，卞玉京以清规拒客。众人遇道士丁继之，同往其修炼的采真观。途中，侯方域持桃花扇追忆与香君旧情，感叹兵乱阻隔。丁继之原为旧院乐工，因世道沦落出家，引三人渡溪至观中暂栖，侯方域题诗抒怀，隐入道门。
第四十出·入道：张薇道士在白云庵主持中元法会，超度崇祯帝及甲申殉难臣子。侯方域与李香君于法会上重逢，二人持桃花扇诉情，张薇怒斥其沉迷儿女私情，斥“国破家亡何忍恋”，当众撕扇断情。侯、李幡然醒悟，分别拜丁继之、卞玉京为师，剃度出家。法会中，史可法等忠臣封神，马士英遭雷击、阮大铖坠崖而死，彰显著善恶有报。最终，张薇大笑三声，以“白骨青灰”“桃花扇底”点破兴亡梦幻，劝诫世人超脱情孽。
续四十出·余韵：苏昆生、柳敬亭与老赞礼在江边相遇，以柴、鱼换酒共饮。老赞礼弹唱《问苍天》讽世道不公，柳敬亭以《秣陵秋》追忆南明旧事，苏昆生悲歌《哀江南》哭诉金陵残破。三人借曲抒怀，痛斥权贵误国，哀叹山河易主。此时皂隶徐青君奉命捉拿“隐逸”，三人惊散。尾声以渔樵遁入山林、隐者吟诗远去的画面，暗喻遗民坚守气节，终局满含苍凉与无奈。
